A través de entrevistas a Yoko Ono -que puso su enorme archivo personal a disposición de los realizadores del documental- y a periodistas, escritores, políticos, antiguos activistas, miembros de la Administración Nixon, agentes del FBI y amigos personales del músico, "Los EEUU contra John Lennon" muestra cómo el ex Beatle se convirtió en la cabeza visible del activismo antibelicista en unos años (1966-1976) marcados por la guerra de Vietnam, el Watergate y la guerra fría. Las palabras de Carl Bernstein, Gore Vidal, Mario Cuomo (ex gobernador de Nueva York) o Bobby Seale (fundador de los Panteras Negras), entre otros, se unen a imágenes de archivo -muchas de ellas, inéditas- para mostrar la intensa e influyente actividad pública de Lennon, desde sus declaraciones de marcado contenido político cuando aún formaba parte de The Beatles, hasta sus famosas encamadas por la paz junto a Yoko Ono o su participación en el concierto por la liberación del activista John Sinclair, encarcelado por posesión de marihuana. La música de John Lennon -la mayoría de las canciones del filme proceden de su carrera tras la ruptura de The Beatles- sirve como hilo conductor del documental, en el que se incluyen títulos que fueron adoptados por la juventud idealista y contestataria de finales de la década de 1960 y principios del 70, como "Give Peace a Chance", convertida en himno del movimiento en contra de la guerra de Vietnam.